尽管金华两头乌猪有许多优点，例如瘦肉率高、肉质鲜美、适应性强等，但也存在一些缺点，如下：

1. 生长速度较慢：金华两头乌猪的生长速度较慢，需要长时间的饲养和耐心的投入，才能够得到高品质的瘦肉。
2. 需要特殊饲养环境：由于金华两头乌猪对生态环境有一定的要求，需要提供优质的饲料、安静的生长环境和适当的活动空间，因此，需要投入一定的成本和精力。
3. 繁殖能力较弱：金华两头乌猪的繁殖能力相对较弱，繁殖难度较大，繁殖季节有限，发情期也较短暂，这对于饲养者而言也是一个不利因素。
4. 成本较高：由于金华两头乌猪的饲养环境和饲料要求较高，饲养成本相对较高，且由于繁殖难度大，育种工作也需要投入一定的资金和精力。
5. 供应不稳定：由于金华两头乌猪属于地方性猪种，供应量有限，生长周期长，因此，市场上的供应不够稳定，价格也较为昂贵，这对于消费者而言也是一个不利因素。

综上所述，虽然金华两头乌猪有很多优点，但也存在不少缺点。在养殖和消费过程中，需要充分考虑到这些缺点，采取合适的饲养和销售策略，以达到最好的经济效益和社会效益。